Verifactu en Shopify: lo que no y lo que te toca a ti

Shopify no emite facturas verificables conforme a Verifactu: la plataforma genera pedidos y recibos comerciales, pero la factura que debe cumplir el Reglamento de sistemas informáticos de facturación la emite tu app de facturación o tu software de gestión. Para una tienda Shopify en España, la obligación entra en vigor el 1 de enero de 2027 para sociedades sujetas al Impuesto sobre Sociedades y el 1 de julio de 2027 para el resto de contribuyentes, principalmente autónomos. Lo que te toca a ti es elegir un emisor que declare por escrito que cumple y conectar Shopify con él sin duplicar facturas.

Soy Oscar Álvarez, fundador de SEOscar, agencia de ecommerce en Barcelona. En las últimas semanas me han preguntado lo mismo cuatro clientes distintos: «¿Shopify Verifactu está resuelto o tengo que hacer algo?». La respuesta corta es que tienes que hacer algo, y conviene que lo hagas con calma ahora y no con prisa en diciembre de 2026.

Escribo esto desde lo que veo montando integraciones reales entre Shopify, apps de facturación y software contable, no desde un comunicado de prensa. Y empiezo con una advertencia honesta: no soy asesor fiscal. Lo que te cuento aquí es la parte técnica y de automatización, la que me toca a mí. La interpretación fiscal de tu caso concreto la firma tu gestoría.

Qué es Verifactu y por qué afecta a tu tienda Shopify

Verifactu es el sistema de emisión de facturas verificables previsto en el Reglamento que desarrolla los requisitos de los sistemas informáticos de facturación, aprobado por el Real Decreto 1007/2023 en España. Obliga a que el programa con el que emites facturas genere registros encadenados, inalterables, con huella o hash y código QR, y que opcionalmente los remita a la Agencia Tributaria de forma automática. Afecta a tu tienda Shopify porque, si facturas desde España, la factura de tus pedidos tendrá que salir de un sistema que cumpla esos requisitos.

El matiz importante para un ecommerce es que el reglamento no regula tu tienda online, regula el software que emite la factura. Shopify es el canal de venta; el emisor es otra cosa. Esa distinción es la que explica casi todas las dudas que recibo.

Por qué Shopify no factura por ti (y qué app emite la factura)

Shopify no emite facturas conformes a Verifactu porque no es un software de facturación: registra pedidos y cobros, y genera confirmaciones y recibos comerciales, pero no cumple el encadenamiento ni la huella que exige la normativa española. En una tienda Shopify que factura desde España, la factura la emite una app del App Store, un software de facturación externo o tu ERP conectado por API.

La diferencia entre un pedido, un recibo y una factura

Un pedido de Shopify es un documento comercial interno: dice qué compró el cliente y cuánto pagó. Un recibo o confirmación de compra es el correo que recibe el comprador. Una factura es un documento con requisitos legales concretos: número correlativo de serie, datos fiscales completos del emisor y del destinatario cuando procede, desglose de IVA y, con Verifactu, huella y código QR. Confundir los tres es el error más común que veo en auditorías de tiendas Shopify en España.

Los tres escenarios habituales en una tienda Shopify

• App de facturación instalada en Shopify que genera la factura automáticamente con cada pedido. Es lo más frecuente en tiendas B2C de volumen medio.

• Software de facturación o gestión externo (tipo programa de contabilidad o ERP) que recibe los pedidos de Shopify vía API o integración nativa y emite allí la factura. Habitual cuando hay más canales además de la tienda.

• Facturación manual en la gestoría, con exportaciones periódicas. Funciona con poco volumen, pero con Verifactu se vuelve frágil: cada factura tiene que salir igualmente de un sistema conforme.

Si no sabes en cuál de los tres estás, ese es el primer trabajo. En los diagnósticos que hago sobre tiendas Shopify es habitual encontrar que hay dos sistemas emitiendo facturas a la vez, uno heredado y otro nuevo, con series solapadas. Eso ya es un problema hoy y con Verifactu lo será más, porque el encadenamiento de registros no admite huecos ni duplicados.

Fechas: sociedades 1 de enero de 2027, resto 1 de julio de 2027

El calendario vigente para los obligados a usar sistemas informáticos de facturación conforme a Verifactu establece dos fechas: el 1 de enero de 2027 para los contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades y el 1 de julio de 2027 para el resto de obligados, es decir, principalmente autónomos y entidades en atribución de rentas. Estas fechas vienen de la modificación del Real Decreto 1007/2023 publicada en 2025.

Hay un detalle que suele pasarse por alto: los fabricantes y desarrolladores de software tenían un plazo anterior para ofrecer productos adaptados. Que tu proveedor ya tenga una versión conforme no significa que tú la tengas activada. Son dos cosas distintas y la responsabilidad de usar un sistema que cumpla es tuya, no suya.

Qué significan esas fechas para tu planificación real

Si tu tienda Shopify factura a través de una sociedad limitada, tienes hasta el 31 de diciembre de 2026 para estar operando con un sistema conforme. Mi recomendación práctica, por experiencia con cambios de facturación en ecommerce, es trabajar con seis meses de margen: migrar series de facturación en plena campaña de Navidad o rebajas es jugártela. Deja el cambio hecho y probado antes del verano de 2026.

Si verificas estas fechas con tu asesoría antes de decidir nada, mejor. La normativa ha cambiado de fechas más de una vez y no quiero que planifiques sobre un dato mío sin contrastar.

Cómo comprobar si tu app de facturas de Shopify cumple

La única forma válida de comprobar si tu app de facturas de Shopify cumple Verifactu es pedir al proveedor una declaración responsable por escrito, el documento que exige el reglamento a los productores de software. No vale una entrada de blog, ni un sello en la ficha del App Store, ni que un foro diga que esa app «ya está adaptada». Si no te lo declaran por escrito, trátalo como que no cumple.

El correo que yo enviaría al soporte de tu app

Te dejo las preguntas concretas que mando yo cuando audito la facturación de una tienda. Copia y pega, en inglés si la app es internacional, y guarda la respuesta.

• ¿Disponéis de declaración responsable conforme al Real Decreto 1007/2023 para el producto que yo tengo contratado? ¿Me la podéis enviar en PDF?

• ¿Vuestro sistema opera en modo Verifactu con remisión automática a la Agencia Tributaria, o en modo no verificable con firma y conservación de registros? ¿Puedo elegir?

• ¿Generáis registro de facturación encadenado con huella, código QR y la leyenda obligatoria en la factura?

• ¿Registráis los eventos del sistema y conserváis los registros de anulación y subsanación?

• ¿La versión conforme está disponible en mi plan actual o implica un cambio de plan o de precio?

• ¿En qué fecha estará disponible para clientes con tienda en España y qué migración implica para mis series de facturación en curso?

No voy a nombrar aquí apps concretas como compatibles. Sería irresponsable: el estado de adaptación cambia cada pocas semanas y lo que hoy es cierto en marzo puede no serlo en septiembre. Pregunta tú, por escrito, y archiva la respuesta con fecha.

Señales de que tu sistema actual se va a quedar fuera

• La app es un simple generador de PDF a partir del pedido, sin numeración propia controlada ni libro de facturas emitidas.

• Puedes editar o borrar una factura ya emitida sin que quede rastro.

• No existe una serie de facturación coherente: hay saltos, repeticiones o reinicios manuales.

• El soporte no sabe responderte qué es una declaración responsable cuando se lo preguntas.

• El proveedor no tiene entidad fiscal ni representación que responda de la normativa española.

Si puedes borrar una factura emitida sin dejar huella, no tienes un sistema de facturación: tienes un generador de PDF bonitos.

Qué automatizar entre Shopify, facturación y contabilidad

Lo que merece la pena automatizar entre Shopify, tu emisor de facturas y tu contabilidad es el traspaso de datos y el control de errores, nunca la emisión paralela de documentos. La regla que aplico en todos los proyectos es una sola: una única fuente de verdad para la factura. Shopify manda el pedido, el emisor crea la factura, y todo lo demás lee de ahí.

Las cuatro automatizaciones que sí aportan

• Sincronización de pedido a factura con reglas claras: qué pedidos facturan (pagados, no cancelados), con qué tipo de IVA según país de destino y si el cliente es particular o empresa con NIF-IVA intracomunitario.

• Gestión automática de devoluciones y cambios: cada reembolso en Shopify debería disparar la factura rectificativa correspondiente, no una edición de la original. Aquí es donde se rompen la mayoría de integraciones que audito.

• Envío del documento al cliente y archivo en tu almacenamiento, con el PDF y el registro asociados al pedido para que atención al cliente lo encuentre en dos clics.

• Traspaso periódico a la contabilidad o a la gestoría, con un resumen y una alerta cuando algo falla: pedidos sin facturar, NIF inválidos, descuadres entre importe cobrado e importe facturado.

Monto estos flujos con n8n, una herramienta de automatización de flujos de trabajo que se conecta por API a Shopify, al emisor de facturas y a tu software contable. La ventaja frente a encadenar tres apps distintas es el control: puedes poner reintentos, registrar cada paso y recibir un aviso cuando un pedido se queda sin factura. Si quieres ver cómo enfoco este tipo de trabajo, lo explico en el detalle de automatizaciones.

La automatización que hace más daño que bien

La trampa clásica es automatizar un «generador de facturas propio» para ahorrarse la app: un flujo que crea PDFs con un contador de números y los envía por correo. Antes de Verifactu era discutible; a partir de 2027 es directamente un riesgo, porque ese flujo casero no encadena registros, no genera huella ni código QR y nadie firma una declaración responsable por él. La emisión déjala en manos de software conforme y automatiza todo lo que hay alrededor.

Qué haría yo desde SEOscar en tu tienda Shopify

En una tienda Shopify con dudas sobre Verifactu, mi primer paso es un inventario del circuito actual: quién emite cada factura, con qué serie, qué pasa con devoluciones, qué entra en la contabilidad y por dónde. Suele caber en un folio y suele destapar dos o tres cosas que nadie sabía, como pedidos de marketplaces o de punto de venta que entran por otra puerta.

Después, la parte técnica: pedir declaraciones responsables a los proveedores implicados, decidir si se sigue con la app actual o se cambia, y dejar montado el flujo de sincronización con alertas. Trabajo sobre tu tienda Shopify tal cual está, sin migraciones ni rehacer la tienda, y el flujo queda en tu propiedad. Es el mismo esquema que sigo en todos los proyectos y que tienes descrito en el método.

Y un apunte que no es menor: la facturación limpia también se nota en conversión. Las tiendas B2B que ofrecen factura automática con NIF en el momento de la compra reducen correos de «¿me mandáis la factura?» y liberan horas de atención al cliente. Es trabajo de fontanería que paga dos veces.

Resumen: tu lista de tareas antes de 2027

• Confirma con tu asesoría qué fecha te aplica: 1 de enero de 2027 si facturas como sociedad, 1 de julio de 2027 si eres autónomo.

• Identifica quién emite hoy las facturas de tus pedidos de Shopify y comprueba que solo hay un emisor.

• Pide por escrito la declaración responsable a ese proveedor y guárdala con fecha.

• Revisa cómo se gestionan devoluciones y rectificativas: es el punto que más se rompe.

• Monta la sincronización con contabilidad con alertas de pedidos sin facturar.

• Haz el cambio antes del verano de 2026, fuera de campaña.

Si quieres que mire tu caso con tus datos reales, reserva un diagnóstico. Salgo con un plan escrito del circuito de facturación y de las automatizaciones que tienen sentido en tu tienda Shopify, y el plan es tuyo tanto si seguimos trabajando juntos como si no.

Preguntas frecuentes

¿Shopify cumple Verifactu por sí solo?

No. Shopify es una plataforma de comercio electrónico que gestiona pedidos y cobros, pero no emite facturas con los requisitos del Reglamento español de sistemas informáticos de facturación. La factura conforme a Verifactu la emite una app de facturación instalada en Shopify, un software de facturación externo o tu ERP conectado por API. La responsabilidad de usar un sistema conforme es del comerciante.

¿Desde cuándo es obligatorio Verifactu para una tienda Shopify en España?

Según el calendario vigente tras la modificación del Real Decreto 1007/2023 publicada en 2025, la obligación entra en vigor el 1 de enero de 2027 para los contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades y el 1 de julio de 2027 para el resto de obligados, principalmente autónomos. Conviene confirmar la fecha concreta con tu asesoría fiscal, porque el calendario ha sufrido cambios.

¿Cómo sé si mi app de facturas de Shopify cumple Verifactu?

Pide al proveedor la declaración responsable por escrito que exige el reglamento a los productores de software, referida a la versión y plan que tú tienes contratados. Un sello en la ficha del App Store o un mensaje de marketing no son prueba suficiente. Si el soporte no te envía ese documento en PDF, trata la app como no conforme y busca alternativa.

¿Puedo seguir generando las facturas con un flujo propio en n8n o con un generador de PDF?

No es recomendable a partir de la entrada en vigor. Un flujo casero no genera registros encadenados con huella ni código QR, y nadie firma una declaración responsable por él. Lo correcto es que la emisión la haga un software conforme y usar la automatización para sincronizar pedidos, rectificativas, envío al cliente y traspaso a contabilidad.

¿Qué pasa con las devoluciones y los reembolsos de Shopify?

Un reembolso en Shopify debe generar una factura rectificativa en tu emisor, nunca la edición o el borrado de la factura original. Verifactu exige que los registros sean inalterables y que las anulaciones y subsanaciones queden registradas. Es el punto donde más integraciones de ecommerce fallan, así que pruébalo con un pedido real antes de darlo por bueno.

¿Tengo que cambiar de plataforma o migrar mi tienda por Verifactu?

No. Verifactu afecta al software que emite las facturas, no a la plataforma de venta, así que puedes seguir en Shopify sin migrar nada. En SEOscar trabajamos siempre sobre la plataforma que ya tiene el cliente, conectando el emisor de facturas conforme y automatizando el traspaso de datos a contabilidad.

¿Quién es el responsable si mi sistema de facturación no cumple?

El obligado tributario, es decir, tú o tu sociedad, es quien responde de emitir facturas con un sistema conforme. El productor del software responde de su producto mediante la declaración responsable, pero eso no te exime. Por eso es importante guardar por escrito y con fecha la declaración de cada proveedor que interviene en tu circuito de facturación.